EMTS-i liikmeks vastuvõtmist võib taotleda iga isik, kes soovib arendada seltsi eesmärkidega kooskõlas olevat tegevust. Liikmeks vastuvõtmise otsustab seltsi juhatus.
Auliikmeks võib üldkogu valida füüsilise või juriidilise isiku, kes on andnud olulise panuse mullateaduse arengusse Eestis ja omab märkimisväärseid teeneid EMTS-i põhikirjas sätestatud eesmärkide elluviimisel.
EMTS kuulub Euroopa Mullateaduse Seltside Konfederatsiooni (European Confederation of Soil Science Societies - ECSSS) ja on Rahvusvahelise Mullateaduse Seltsi (International Union of Soil Sciences - IUSS) liige. EMTS on nende organisatsioonide ametlik esindaja Eestis. Kõik EMTS-i liikmed on ka täieõiguslikud IUSS liikmed.