EMTS-i kõrgeimaks organiks on seltsi üldkoosolek. Üldkoosoleku kutsub kokku juhatus vähemalt korra aastas.Seltsi tegevuse igapäevaseks korraldamiseks valib üldkoosolek kolmeliikmelise juhatuse.
Juhatuse liikmed:
Alar Astover (president)
Endla Reintam
Endla Asi
Eesti Mullateaduse Seltsi põhikiri