EMTS-i eelkäijaks tuleb lugeda aastatel 1957-1991 tegutsenud Üleliidulise Mullateaduse Seltsi Eesti filiaali. Selle juhiks oli aastatel 1957-1964 prof. Osvald Hallik ning aastatel 1964-1991 prof. Loit Reintam.
Eesti taasiseseisvumisjärgsel perioodil toimus seltsi eesmärke kandev tegevus mitteformaalsel kujul (st ametlikult vormistatud ühingut ei olnud) ning selle liidriks oli prof. L. Reintam.
Mittetulundusühing Eesti Mullateaduse Selts (EMTS) asutati 16 liikme poolt 23. oktoobril 2009. aastal. Seltsi juhatusse valiti Alar Astover, Endla Reintam ja Tiina Köster.