Mittetulundusühing Eesti Mullateaduse Selts (EMTS) asutati 16 liikme poolt 23. oktoobril 2009. aastal. Seltsi juhatusse valiti Alar Astover (esimees), Endla Reintam ja Tiina Köster.
EMTS-i eelkäijaks oli aastatel 1956–1991 tegutsenud Üleliidulise Mullateadlaste Seltsi Eesti filiaal, mida juhtis algaastatel prof. Osvald Hallik ning 1964. aastast prof. Loit Reintam.